この問題は割と簡単に解決できる。
まず、iPhoneの連絡先がExchangeと同期しているのを解除する。
このとき、iPhoneにあるExchange(Google Contacts)の連絡先は削除する。
次に、iTunesでiPhoneの連絡先を「Google Contacts」と同期させる。
これで「適用」する。
最後に、iPhoneの連絡先を再度Exchangeと同期させるのだが、このときiPhoneに残っている連絡先は削除してしまう。
「削除」
念を押されるが「削除」
これでiPhoneの連絡先すべてがGmailの連絡先と一致する。